AVI, MPEG, QuickTime, WMV などのムービーを FLV やフラッシュに変換する

Linux, BSD:
FFmpeg
Windows:
Riva FLV Encoder
いずれもフリー。後者は拡張子を自分で操作することで swf に変換できるとのことです。
 
検索用キーワード: wmv2flv,mpeg2flv,mpg2flv,avi2flv, wmv2swf,mpv2swf,mpeg2swf,avi2swf
 
Riva FLV Player という flv を再生できるフリーソフトもあるようです。
 
参考:
Riva FLV Encoder と HugFlash
 解説サイト。