Linux, BSD:
FFmpeg
Windows:
Riva FLV Encoder
いずれもフリー。後者は拡張子を自分で操作することで swf に変換できるとのことです。
検索用キーワード: wmv2flv,mpeg2flv,mpg2flv,avi2flv, wmv2swf,mpv2swf,mpeg2swf,avi2swf
Riva FLV Player という flv を再生できるフリーソフトもあるようです。
参考:
– Riva FLV Encoder と HugFlash
解説サイト。