Java + MySQL41 で文字化け対策

Java, MySQL 間の通信を MySQL の文字コードにあわせてやる必要がある。
具体的には, JDBC での接続時に characterEncoding=utf8 など MySQL の
文字コードを指定したクエリをつけてやる。

jdbc:mysql:localhost:3306/foo?useUnicode=true&characterEncoding=utf8

Tomcat なら server.xml などの設定ファイルの 該当 JDBC 接続の Resource で
設定すればよい。