権限があっても削除/変更不可能にする

Linux なら chattr, FreeBSD なら chflags を使うことで、 root 権限でも rm -f で削除不可にすることが可能です。
たとえば /bin ディレクトリ以下すべてを削除不可能にするには

# Linux
chattr +i /bin

 

# BSD
chflags schg /bin/* /bin

 
とすれば削除できなくなります。
 
参考:
http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/Chroot-BIND-HOWTO-2.html
UNIX の部屋 chflags
FreeBSD memo – jail の作り方
MANPAGE of chflags