Linux なら chattr, FreeBSD なら chflags を使うことで、 root 権限でも rm -f で削除不可にすることが可能です。
たとえば /bin ディレクトリ以下すべてを削除不可能にするには
# Linux
chattr +i /bin
# BSD
chflags schg /bin/* /bin
とすれば削除できなくなります。
参考:
– http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/Chroot-BIND-HOWTO-2.html
– UNIX の部屋 chflags
– FreeBSD memo – jail の作り方
– MANPAGE of chflags