コマンドプロンプトで日本語入力をするには

Alt+[半角/全角キー]を押すとコマンドプロンプトでも日本語入力ができます。
Cygwin の場合も同様ですが、こちらは「cygwin で日本語入力をする方法(Windows Tips by pPoy)」にあるように、設定ファイルに以下の設定を追加する必要があります。
~/.inputrc:

set kanji-code sjis
set convert-meta off
set meta-flag on
set output-meta on

~/.bashrc

export JLESSCHARSET=japanese-sjis
alias ls=’ls –show-control-chars’